超大规模的微生物序列比速度是多年来困扰感染病学科与微生物学科发展的主要技术瓶颈之一。2025年9月10日，重庆医科大学附属第二医院病毒性肝炎研究所沈伟副研究员与欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）Zamin Iqbal教授合作，在国际权威期刊Nature Biotechnology（IF=41.7）在线发表了题为“Efficient sequence alignment against millions of prokaryotic genomes with LexicMap”的原创性研究论文。

  在本研究中，作者开发了一个全新的序列比对软件LexicMap，支持在百万规模原核（细菌与古菌）基因组中，对基因、质粒、长读长测序数据进行准确、快速、低内存的碱基水平序列比对。与现有方法（包括Blastn、Minimap2、MMseqs2、Ropebwt3）相比，LexicMap在保持相当准确性的同时，速度更快、内存占用更低、具有更高的可扩展性。

  LexicMap使研究人员能够在单机环境下，对全球所有已测序拼接的微生物基因组实现准确而快速的序列比对，这将为流行病学、生态学、进化生物学等领域的研究提供有力支持。

  沈伟，理学博士，副研究员，硕士生导师（生物信息学），重庆生物信息学会常务理事。主要研究方向为基于高通量测序的难培养病原微生物检测技术，微生物基因组、宏基因组、大规模基因组数据检索等生物信息学算法设计与软件开发。主持国家自然科学基金面上项目等科研项目5项；以第一和/或通讯作者身份在Nature Biotechnology、iMeta、Bioinformatics等期刊发表SCI论文9篇，其中2篇为ESI 1%高被引论文，单篇最高引用2800余次。同时为包括Bioinformatics在内的多篇杂志审稿，为社区贡献多个生物信息学软件，累计下载超60万次。